1º Si
2º No, debes borrar las antiguas y dejar las nuevas
3º y 4º Lo que necesitas hacer es una redirección 301 mediante htaccess. Si mantienes las dos es contenido duplicado y sólo indexara una u otra versión. La redirección 301 sirve para esa función, comunica a los buscadores que una página cambia de ubicación de forma definitiva. Normalmente una sustituye a la otra y si el cambio es positivo (quitar parámetros lo es), en un tiempo notarás las mejoras. Un manual que explica muy claro como hacerlo:
Editar htaccess para crear direcciones URL amigables