No he manejado alphas ni opacidades, por lo que no se como manejarlos, pero por lo que comprendo, uno de los dos es exclusivo para IE (Y las cosas "exclusivas" no son reconocidas por la W3C).
Siempre que necesito lidiar con algo exclusivo para IE, lo oculto en el código HTML directo, en el head, de una forma similar a la siguiente:
Código HTML:
<!--[if ie]>
<style type="text/css">
transparente{/*codigo exclusivo IE*/}
</style>
<![endif]-->
No se si exista una forma más optima, pero no he tenido problemas con esto hasta hoy
![borracho](http://static.forosdelweb.com/fdwtheme/images/smilies/borracho.png)
. ¡Mucha suerte!