Un tema similar a lo que menciona flai, siempre debes tratar que tu sitio degrade bien. Es decir, si el usuario no tiene JavaScript activado, pueda aún visitar tu sitio y acceder al contenido. Y uno de estos usuarios es, como ya lo han mencionado, Google.
Una forma práctica de tener JavaScript no-intrusivo es no colocar las llamadas de código en las etiquetas XHTML, si no separarlas en un archivo externo. No recuerdo mucho de Prototype pero supongo que tiene esa posibilidad. En JQuery sería algo como:
Código:
$("#menu li a').click {
$("aDiv").load('home.html');
return false;
}
De esa manera, el enlace al evento click se hace por separado, y si el usuario no tiene JS activado, simplemente seguiría el link normal, permitiendo tener tu contenido disponible.