El código fuente te muestra el resultado de la primera renderización del DOM. Todos los cambios que se hagan tras la carga de la página a través de DOM y/o AJAX no se verán de esta forma.
Para poder ver los cambios, te recomiendo que uses Firefox 3 como navegador web y que instales Firebug (https://addons.mozilla.org/es-ES/firefox/addon/1843) para poder ver todos estos cambios, así como poder poner puntos de ruptura en la ejecución de los scripts, etc. Y ya que estamos, instálate también Web developer (http://addons.mozilla.org/firefox/addon/60)
Saludos!!
Siento no poner los enlaces directamente, pero el foro no me deja por novato
Saludos!