Problemas con .htaccess

[gabriel21]

Me sale un error en varias aplicaciones cms cuando tienen archivos .htaccess, por lo tanto no puedo usarlas y algunas son muy buenas. me sale un error de cgi :
"El servidor encontro un error interno y fue imposible completar su solicitud. Existe tambien la posibilidad de que el servidor este sobrecargado o de algún error en un programa de CGI.", y si quito el .htaccess la aplicación funciona pero hay muchas funcionalidades que no sirven sin el archivo .htaccess como puedo arreglarlo. Uso Xampp en Windows con apache 2.2.