Holas
Fijate, anda a Administracion de Sitios, luego Edita el tuyo.
En la pestaña de Datos Remotos, yo lo tengo por FTP; ahi abajo de los datos del FTP hay tres opciones.
Yo tengo tildadas las dos primeras:
* Mantener Informacion de Sincronizacion
* Carga archivos automaticamente al servidor al guardar
Con eso, me sube todo sin problemas.
Saludos y Suerte