Subir archivos por FTP

[Bier]

1. Soy diseñador de software y he desarrollado un programa que genera varios archivos y fotos en un directorio de mi PC.
2. Los archivos generados (con mi aplicación) deben ser subidos a un servidor de Internet (actualmente se utiliza Cute-FTP).
3. Mi programa lo he instalado con usuarios nada expertos en gestores de FTP, por lo que he tenido contratiempos.
4. Me gustaría subir los archivos al servidor de Internet sin necesidad tener que abrir y manipular un programa FTP.
5. ¿Es posible subir los archivos ya sea con PHP, con línea de comandos, etc.?

Gracias anticipadas.