Hola de nuevo:
Para hacer un bucle tendrás que utilizar la función constructora
RegExp():
Código:
var re = new RegExp("\\b"+palabras1[ind]+"\\b", "gi");
consu2 = consu2.replace(re,palabras2[ind]);
Creo que tienes que escapar las contrabarras, como he escrito, pero no estoy seguro.
Saludos.