Yo hice esto una vez, y vas a tener que agregar a la imagen del kernel los modulos para SATA.
Realmente no recuerdo cómo fué que lo hice, pero en Google está la respuesta
Despues no es necesario clonar a la manera Windows, simplemente creá las particiones como quieras en el nuevo disco, copiá los datos (preservando atributos) y modificá el fstab.
Saludos.