Mmmmmmmmmm... estuve probando y efectivamente no se esconden y se monta uno sobre otro... la verdad... no sé qué hacer...
Pero la última versión de MooTools te permite cargar archivos .swf sin tener qué poner el código html, lo qué evitaría qué se muestren antes de clickear o cargar el div. Así harías qué se muestren al cargar el div ( valga la redundaancia
) evitando lo anterior.
http://docs.mootools.net/Utilities/Swiff
Nos vemos.