El problema está en que estás mezclando variables PHP y javascript. El ID de cliente es de cada cliente, por tanto debe ser un parámetro que le pasas a la función preguntar. Algo así:
...<a href=javascript
:preguntar(" . $row['RUT_CLIENTE'] . ")>Eliminar</a>...
Y luego, en la función javascript
:
function preguntar(cliente) {
... window.location.href = 'borrar.php?id=' + cliente;
...
}