hola si usas innerHTML ya no es necesario que utilices capas a menos que asi tenga que ser, la funcionalidad de las capas es que las puedes mantener ocultas y mostrarlas cuando quieras,
en el caso del innerHTML lo que hace es introducir html dentro del documento en algun lugar que le hayas identificado con algun "id"
ya sea desde una tabla hasta un iframe o lo que se te ocurra
