No se si es lo que quieres por que no lo he comprendido muy bien, pero podrias hacer el fondo del iframe transparente, es decir, que tuviera el fondo de donde esta situado, me explico:
-Metes tu iframe en una tabla con el color de fondo que quieras para el iframe.
-Al codigo del iframe le añades:
Código:
style="FILTER:
chroma(color='Aqui el color de fondo que tiene el iframe en realidad')" allowtransparency="true"
Ejemplo:
El iframe que quieres usar de la otra web tiene el fondo de color blanco (#FFFFFF), y lo quieres volver de color rojo (#FF0000)
En tu web tendrias que poner:
<table bgcolor="#FF0000">
<tr><td>
<iframe src="loquesea" style="FILTER:
chroma(color=#FFFFFF)" allowtransparency="true"></td></tr></table>
El codigo lo que hace es que todo lo que sea blanco (en este caso) del iframe lo hace transparente, y como el iframe esta dentro de una tabla de color rojo (en este caso) todo lo que era blanco se vera rojo.
Pd: Seguro que hay un codigo mejor, este alomejor te da resultado, no se pierde nada por probar, pero he de reconocer que es algo chapucero, siento no poder ayudar mejor. Saludos!