No es un problema del .htaccess sino de tu código. Si el navegador está en .com/Users/algo.php y los enlaces que pones son del tipo ./otra.php, entonces el navegador buscará esa página en .com/Users/otra.php
La solución es tan simple como usar rutas absolutas en vez de relativas. En este ejemplo, basta eliminar el . del enlace, es decir, que el enlace sería a la página /otra.php y el navegador entonces la buscará en .com/otra.php
El . lo que hace es indicar al navegador que busque la página en el mismo directorio donde está, pero es que el navegador no sabe si el directorio es "real" o no... claro que le da igual, para él simplemente es algo que sí existe.
Un saludo
