Hola:
Si hablas de popup es porque quieres usar "window.open()", de los que el tercero de los parámetros es el conjunto de atributos de la nueva ventana separados por comas (,)... somo sabes los valores de anchura y altura, solo debes calcular la coordenada x,y de la pantalla, y se obtiene restando del total de la pantalla el ancho de la ventana y dividirlo entre 2... y lo mismo para la altura de la ventana (sobre esas propiedades tienes una amplia descripción en la FAQ-100 de javascript... para el cálculo lo que debes saber es al tamaño de la pantalla que son screen.width y screen.height.
Si lo quisieras hacer desde el mismo popup tendrías que usar window.resize (no estoy muy seguro ahora), pero no es un sistema muy fiable.
Saludos
