Hola:
El método submit() realiza un envío forzado, así que deberías validar antes, por ejemplo:
onclick="enviar()"
y la función enviar...
function enviar() {
with(document.forms.tu_formulario) {
vale = (dato1.value != "") && (dato2.value != "");
if (vale) submit();
else alert("debe rellenar los campos solicitados...")
}
}
Saludos