En mi experiencia personal, he usado Flash MX 2004 por mucho tiempo. Hace poco tuve la oportunidad de probar Flash CS3, y vi nuevas ventajas muy impresionantes, como el uso de las figuras primitivas, o la capacidad de poder poner blur, glow y shadow a los movieclips, con lo que se pueden lograr diseños mucho más atractivos con pocos movimientos.
Aun no me he cambiado, pero se ve interesante. Por supuesto, no he notado algún cambio muy notorio e imprecindible aun, por lo que no estoy seguro que haya urgencia. Además, he oido que en un año sale la CS4, por lo que considero la idea que quizá sea mejor esperar.
Ojalá alguien que sepa más de estos programas te pueda dar una mejor guía. Suerte!