Crear Procedimiento Almacenado

[jurena]

Como nada sé de store procedures, te pongo una consulta de actualización que creo que lo hace:
update ciudades c1, ciudades c2 SET c1.VAL1 = IF(c1.val1 is null or c1.val1 = 0, c2.val1, c1.val1), c1.VAL2 = IF(c1.val2 is null or c1.val2 = 0, c2.val2, c1.val2) WHERE c1.ANO = 2004 AND c2.ANO = 2002 AND c1.id_ciudad = c2.id_ciudad

Te he puesto valor null y 0, porque al borrar un número queda 0 y no null, aunque al principio si no se ha escrito nada tengas null. Y sólo te he incluido la sintaxis para VAL1 y VAL2
No sé si tendrá buen rendimiento. La he probado con pocos datos, pero creo que funciona. Esto va en la línea de lo que te decía seyko.

PERDÓN: te he puesto sintaxis mysql. Tendrás que adaptar los IF a POSGRESQL, que no sé si es escriben igual.