Para comunicar HTML con PHP necesitas formularios. Eso supongo que ya lo sabes. Pues como JavaScript está dentro del HTML, deberás crear un campo del formulario con esa variable.
Por ejemplo (no estoy seguro de que funcione), suponiendo que la variable que quieras enviar se llame unaVariable:
Código HTML:
<script type="text/javascript">
unaVariable="valor"
function enviarVariable(formulario) {
campo=document.createElement("input");
campo.setAttribute("type","hidden");
campo.setAttribute("name","unaVariable");
campo.setAttribute("value",unaVariable);
formulario.appendChild(campo);
}
</script>
<form method="post" action="script.php" onSubmit="enviarVariable(this)">
<input>.... Aquí pones todos los campos que quieras
</form> De este modo, tu script PHP obtendrá el dato que querías en $_POST["unaVariable"].
Espero que te sirva.
Un saludo.