Es un tema de capas css, lo que hace el wmode es quitar/poner el fondo al margen de los objetos del flash. Por ejemplo puedes pones un fondo que ocupe toda la pantalla con css y si pones el wmode tranparent verás todo el fondo excepto lo que salga en el swf. Para que los flashes queden por detrás de el tooltip debes meterlo en capas css, supongo que creas un estilo:
#flash{
z-index:-99;
}
y el flash lo metes entre div's:
<div id="flash">AQUÍ EL FLASH</div>
Haz pruebas con esto.