En las faqs no hay un tutorial sino un ejemplo de cómo hacer un editor sencillo, y en la otra página lo que dice: El archivo bbcode.php se ha creado para hacer funcional el archivo de muestra example.php.
Lo que tenés que hacer es traducir, con la ayuda de la función que se muestra en ese ejemplo o alguna semejante, el código guardado en la base de datos antes de mostrarlo. Pero ya tu problema con javascript está resuelto y ahora tu duda es de php, así que intentá hacerlo funcionar basándote en el ejemplo, o preguntá directamente en el foro de php.
