Buscando ideas para manejo de datos

[aloqui]

Pues aunque no te guste, la mejor solución es cargar los datos desde ficheros externos.
Quizá sea lento en la lectura porque los salves en modo texto y luego utilizas fscanf() para cargar los datos.
Si quieres que sea más rápido puedes intentar salvar los ficheros en modo binario y leer los datos con fread().