Para recoger el texto con javascript, podés hacerlo así:
Código PHP:
var myf = document.getElementById("FCKeditor1___Frame");
myf = myf.contentWindow.document || myf.contentDocument;
var myf2=myf.getElementById('xEditingArea').getElementsByTagName('iframe')[0].contentWindow.document || myf.getElementById('xEditingArea').getElementsByTagName('iframe')[0].contentDocument;
alert(myf2.body.innerHTML);
Luego le aplicás lo anterior para cambiar el formato y finalmente podés grabar el resultado en un campo oculto.
