Hola.
Algunas consejos..
En lugar de utilizar file usas "virtual"
Cambia los .htm por .shtml
Llama a tu archivo como /arriba.shtml, asi cuando situes en subdirecotrios no tendras que usar los ../../../
Ahora... cuando yo tuve ese problema tenia mis imagenes y mis links vinculados mas o menos asi:
imagenes/logo.gif
seccion1/defaullt.htm
Lo que hice fue que complete todas las direcciones para que quedaran asi:
http://www.elsitio.com/imagenes/logo.gif http://www.elsitio.com/seccion1/default.htm
Asi oniendo el path completa no hay donde la ruta pueda perderse.
Salu2.