Hola Rolando01,
haber prueba desinstalar ambos y volverlos a instalar (primero el kaiba y luego el joey y hazlos correr en ese orden). Si eso no te da o no tienes los instaladores entonces ejecuta el regedit, en la ventana de la izquierda ve abriendo hasta encontrar la siguiente entrada HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\KONAMI (se ve como carpetas) y eliminala (la carpeta KONAMI) y luego instala los juegos en el orden indicado. Ten cuidado de no borrar nada mas. recuerda correr primero el kaiba y luego el joey para poder tener en joey las cartas de caiba. me cuentas como te va asi pienso en otra forma,
Nota... se me olvidaba tambien podrias conseguir todas las cartas de un solo tiro mediante el pack allcards que puedes hallar en la red. Lo digo al final porque alvez te guste ganar las cartas como a mi...pero despues de que te repitan comenzaras a querer tener todas de uno.