El único secreto es acceder correctamente al document de cada iframe, luego es una validación normal.
Para acceder al document de un iframe, usás esto:
Código PHP:
docIfr=document.getElementById('idDelFrame').contentDocument || document.getElementById('idDelFrame').contentWindow.document;
/*luego, el valor del campo se obtiene como si estuvieras en el
document de la página principal:*/
valorCampo=docIfr.nombreFormulario.nombreCampo.value;