Personalmente te recomendaría dejar el ISO 8859-1 (
http://es.wikipedia.org/wiki/ISO-8859-1) y solo si te da problemas usar el UTF-8 (
http://es.wikipedia.org/wiki/UTF-8), ahora que te aparezca en el código Ñ por Ñ en vez de un problema lo considero una mejora al hacerlo compatible ya que si la persona que vera tu web usa otra codificación de caracteres el browser (IE, Firefox, etc) igual interpretara el Ñ como Ñ, con esto evitas que alguien en lugar de ver ESPAÑA termine viendo algo parecido a esto ESPA►A.
A menos que estés usando la ñ o palabras con acento en tu nombre de dominio no creo que te afecte en nada con el posicionamiento en los buscadores, en todo caso hay muchas otras cosas que si influyen en esto y que deberías de considerar.