Separa los IF a ver si es eso, que puede ser, aunque tampoco me gusta como tienes esos ELSE, si las condiciones las haces en el IF para ver cual es el rango de cantidades, creo que deberias quitar los ELSE y si no usar ELSE IF y anidar los dos IF´s
Código PHP:
if ($asientos <= 500)
$resultado2 = $asientos = 25;
else {
$asientos -= 500;
$resultado2 = + 25;
}
if (($asientos >500) && ($asientos <=2000))
$resultado2 += $asientos * 0.48/12;
else {
$asientos -= 2000;
$resultado2 += 2000 * 0.48/12;
$resultado2 += $asientos * 0.35/12;
$total= $resultado2;
echo "El presupuesto es de: <b> $total</b>,00 euros/mes";
}