En lo personal la mejor solucion que he encontrado para backups remotos de VPS es hacer un backup de el vps entero en ves de los home de cada cuenta :P
A que me refiero, no se en que compania tienes contratado tu VPS y que tecnologia de virtualizacion es la que usan, pero hoy en dia la mayoria de las plataformas de virtualizacion soportan hacer un dump con el VPS funcionando.
Que ventajas tiene esta opcion frente a otras ?
1 - tienes un respaldo de el servidor, es decir de los archivos del usuario pero tambien de las bases de datos, configuracion de virtualhost cuentas de usuarios y un monton de cosas que uno normalmente no respaldaria con rsync
2 - el dia de manana decides cambiar de provedor de hosting y solo tienes que buscar uno que utilize el mismo sistema de virtualizacion y el soporte pueda anadir tu servidor ya funcionando.
Que contras?
1 - no se puede hacer respaldos incrementales, al menos no con las tecnologias que conosco/utilizo/
2 - que para obtener un archivo de ese respaldo tienes que montar el VPS en un pc y saber un poco de administracion.
Sobre tu problema de donde alojar el respaldo, te aconsejo busques otro webmaster que este empezando como tu y acuerdes intercambiar X espacio entre vuestros servidores. Por ejemplo puedes acordar con otro webmaster dejarle 20gb disponibles en tu servidor y una cuenta FTP a cambio de lo mismo en su servidor.*
Los problemas que trae esto son varios, seguridad, estabilidad y escalabilidad pero si estas corto de $ y no manejas informacion sensible puede ser una opcion esto para ti.
Espero que te sirva mi experiencia y consejo para algo
*esto es medio incompatible con la idea de respaldar el VPS entero