transmision serial de un pc a otro

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Dado que no pones codigo fuente inventare' que el codigo que usas para recibir el caracter FF lo tienes definido como char. Te recomiendo usar un int en vez de char y probar nuevamente, aunque lo recibido sea un char, el definir como int el tipo te asegurara que la comparacion pueda tener exito alguna vez.

Trata con int!

Alternativamente, coloca un trozo de codigo relevante a la pregunta...