Para sobreescribir el body de tu iframe, primero tenés que acceder a él correctamente.
Esto sería así:
Código PHP:
var ifrDocument=document.getElementById('idDelIframe').contentDocument || document.getElementById('idDelIframe').contentWindow.document;
var ifrBody=ifrDocument.getElementsByTagName('body')[0];
alert(ifrBody.innerHTML);
//agregar algo adelante:
ifrBody.innerHTML='esto va adelante<br />'+ifrBody.innerHTML;
//para agregar detrás: ifrBody.innerHTML+='lo que sea';