hay una técnica.... al momento de incluir javascript, simplemente no llamas al .js, sino al
.php y ese PHP, solo contiene tus rutinas de datos... luego, los imprime en el lenguaje de javascript....
Código HTML:
<script type="text/javascript" src="el_script.php?foo=bar"></script>
la otra, se le conoce como
Ajax, pero realmente no creo que sea lo que buscas... suerte!