Hola,
Creo que el problema que tienes se debe a la utilización de AJAX en la generación de los contenidos de la web: si éstos utilizan Lightbox, la llamada no funcionará correctamente a partir de la primera renderización del contenido generado mediante AJAX (primera carga).
La inicialización del objeto de la clase Lightbox se realiza al cargar la página. Si se genera contenido sin recarga de página, debe forzarse la inicialización del objeto al invocarlo. Así:
Código:
<a href="img/imagen.jpg" title="caption" rel="lightbox" onclick="myLightbox.start(this); return false;">imagen</a>
Espero que te sirva de ayuda.
Saludos !!