De acuerdo, no es problema del script. Supongo que le cambias dinámicamente el height, ¿no?
Pues creo que deberías probar sin el width, porque al ser un elemento de bloque (que es lo que produce el problema), ocupará de todas maneras el 100% del espacio disponible en su línea de flujo.
Si pones simplemente <div id="mensaje"></div>
cámbiale dinámicamente sólo el height, y el width que no aparezca. Si tiene también que agrandar de ancho, al reducir lo tendrás que llevar a cero y creo que no funcionará, pero si puedes no ponerlo y que sólo crezca a lo alto sí.
Mikel.