La mayoría de los scripts que generan capas con un z-index superior al de los elementos presentes en la página (como lightbox, por ejemplo), lo que hacen directamente es poner los selects invisibles, ya que los mismos en explorer siempre quedan arriba sin importar el z-index que se use.
Este es el fragmento de código que utliza lightbox para eso:
Código PHP:
// Hide select boxes as they will 'peek' through the image in IE
selects = document.getElementsByTagName("select");
for (i = 0; i != selects.length; i++) {
selects[i].style.visibility = "hidden";
}