Lucha:
Tu pregunta es un tanto dificil.
Si quieres cambiar el nombre de tu document root pues simplemente se cambia en el archivo de configuracion y se cambia el htdocs (Directorio) por lo que tu hayas puesto en el archivo de configuracion.
Si quieres servir por ejemplo el manual del Apache, pues el mismo archivo de configuracion te lo muestra asi:
AliasMatch ^/manual(?:/(?:de|en|es|fr|ja|ko|ru))?(/.*)?$ "C:/Apache/Apache2/manual$1"
<Directory "C:/Apache/Apache2/manual">
Options Indexes
AllowOverride None
Order allow,deny
Allow from all
<Files *.html>
SetHandler type-map
</Files>
SetEnvIf Request_URI ^/manual/(de|en|es|fr|ja|ko|ru)/ prefer-language=$1
RedirectMatch 301 ^/manual(?:/(de|en|es|fr|ja|ko|ru)){2,}(/.*)?$ /manual/$1$2
Nota que el directorio que aloja el manual esta al mismo nivel del directorio de htdocs osea un nivel arriba del document root principal.
De la misma manera que se hace con el manual se puede hacer con cualquier otro tipo de documentos.
Algo parecido se hace con los scripts en el cgi_bin directorio; indicandole al Apache que ahi se encuentran los ejecutables de PERL, por ejemplo.
Ahora como te ha expresado ferny, cuando creas virtual hosts, cada virtual host adquiere un document root diferente que no es mas que el directorio donde esta creado el subdominio.
Saludos
Y espero te ayude
Franco
