El IE6, maneja MAL y por tanto diferente los margin y padding, puedes utilizar un css especifico para sobreescribir las propiedades en IE6.
crea un ie6.css y adentro ve sobreescribiendo 1 x 1 y probando los margenes y padding que sospeches estan mal.
en tu html inserta algo como:
Código:
<link rel="stylesheet" href="style.css" type="text/css" media="screen" />
<!--[if lt IE 7]>
<link rel="stylesheet" href="ie6.css" type="text/css" media="screen" /><![endif]-->
el style.css es tu hoja normal, pero le avisas al navegador que si es menor a IE7, utilice ie6.css :)