Bueno, después de estarme un buen rato más pensando por fin he encontrado la solución, la pongo aquí por si a alguien le sirve (aunque lo dudo...).
Con el "formsdemo" de swfupload viene un fichero javascript para comprobar que los campos del formulario han sido rellenados. Se llama "handlers.js" y en éste, en la función "validateForm()" he añadido mi código:
Código HTML:
var simbols = "[^a-zA-Z0-9.\\s]";
var URLFitxer = document.getElementById("txtFileName").value;
URLFitxer = URLFitxer.replace(new RegExp(simbols,"g"),"");
URLFitxer = URLFitxer.replace(new RegExp("\\s","g"),"_");
document.getElementById("references").value = URLFitxer;
Es el mismo código que he puesto antes, salvo que este reemplaza los símbolos extraños por guiones bajos.
Además he eliminado las siguientes líneas del fichero "handlers.js":
Código HTML:
if (txtReferences.value === "") {
isValid = false;
}