Que tal!
Oye no se si ya hayas considerado lo anterior, no se si te sirva, y asi a primera vista, creo que falta el select con su nombre y el final del select.
Si no es asi disculpa la interrupción
Código PHP:
<?php
include ("../Nucleo/conexion.php");
$result = mysql_query("SELECT * FROM tblEmpleados order by rut");
while ($row = mysql_fetch_array($result, MYSQL_ASSOC))
{
echo '<select name="nombre">'
echo '<option value="'.$row["Id_empleado"].'">'.$row["rut"].'</option>';
echo '</select>';
}
mysql_free_result($result);
?>
Saludos