Problemas para orgnizar datos

[Emirodgar]

Realmente no sé como quieres montar la página pero si yo tuviera que hacer eso utilizaría AJAX en una especie de treemap, primero listaría todas las especialidades y una vez que se hiciera click en una de ellas lanzaría otra consulta en una capa inferior que me mostrase los tratamientos para hacer lo mismo con los subtratamientos, de esa manera en vez de hacer una consulta que mostrara todos los registros de la base de datos sólo mostraría los que realmente el usuario va a consultar.

Además las consultas y subconsultas no tienen complicación alguna.

No sé si te servirá o si era esto "lo que buscabas" pero al menos por lo que he entendido que hay que hacer, yo lo llevaría a cabo de esta manera.