Fijate si esto es lo que necesitás:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title></title>
<script>
function $(id){return document.getElementById(id);}
function addEvent(obj, evType, fn, useCapture){
if (obj.addEventListener){
obj.addEventListener(evType, fn, useCapture);
} else if (obj.attachEvent){
obj.attachEvent("on"+evType, fn);
} else {
obj['on'+evType]=fn;
}
}
function ver(e){
e=e || window.event;
var ob=e.target || e.srcElement;
if($('origen').value==$('destino').value){
ob.selectedIndex=0;
alert('origen y destino no pueden ser iguales');
}
}
window.onload=function(){
addEvent($('origen'), 'change', ver, false);
addEvent($('destino'), 'change', ver, false);
}
</script>
</head>
<body>
<form id="form1" name="form1" method="post" action="">
<select name="origen" id="origen">
<option value="seleccionar">seleccionar</option>
<option value="uno">uno</option>
<option value="dos">dos</option>
<option value="tres">tres</option>
</select>
<select name="destino" id="destino">
<option value="seleccionar">seleccionar</option>
<option value="uno">uno</option>
<option value="distinto">distinto</option>
<option value="tres">tres</option>
<option value="distinto2">distinto2</option>
</select>
</form>
</body>
</html>
Una sugerencia: la próxima vez copiá la salida html que genere tu código php. Tené en cuenta que este es el foro de javascript y muchos usuarios que podrían responderte por sus conocimientos de javascript tal vez no lo hagan por no conocer php.