Bueno para empezar tendrias que ver la magnitud de la aplicacion que quieres o tienes que desarrollar, si bien ado.net es una tecnologia que agiliza y convierte la transaccionabilidad de datos en algo muy sencillo, no lo recomiendo totalmente debido a que suele ser algo pesado al momento de tener grandes bases de datos, personalmente yo los uso, pero seria mejor utilizar una arquitectura de software a capas, yo uso 4, pero bueno, todo es relativo, y como casi todo en la vida ambas maneras tienen desventajas, es cuestion de analizar y ver lo que mas te conviene