innerHTML no es un standar y por eso soy algo reacia a utilizarlo. Sin embargo el manejar grupos de nodos dentro de un contenedor se hace algo más complejo y en tu caso lo más simple sería entonces usar innerHTML.
Igual, si quieres saber y entender un poco más los conceptos puedes leer este tutorial
http://kusor.net/traducciones/brainj...rodom1.es.html
concretamente la página del tutorial que trata lo que estamos tratando en este tema incluido el asunto del innerHTML está aquí
http://kusor.net/traducciones/brainj...rodom4.es.html