¿Estás usando imágenes en el código o de fondo usando CSS? Si las estás usando en el código puede que esto resuelva tu problema:
http://www.forosdelweb.com/f53/ie-no...rgenes-534949/
Otra cosa, ¿le estás dando altura a tus tablas? Lo mejor sería que la altura sea definida por el contenido cuando hablamos de tablas. ¿Podrías poner un enlace a tu página para poder verla mejor?