Cita: value="<?=$asignaturas['cod_asig']?>"
Ese segundo = que pones, el de "<?=$...", ¿por qué es? Si no me confundo yo, eso devolvería un vacío y creo que de ahí viene tu problema.
Otra cosa que puede ser aunque lo dudo porque ya lo habrías notado, es el de usar <? en vez de <?php, que para usarlo debe estar habilitado en el php.ini, quizás lo tengas deshabilitado y de ahí tus problemas.
Si no es ni la una ni la otra, pues ni idea :S