No deberás tener problemas con weekday(), pues con esta función el valor para lunes es = 0 y domingo = 6. Seguramente estás usando dayofweek(), función que sí usa el domingo como primer día. Usa, pues, para agrupar y ordenar la función weekday().
En el caso de la función weekofyear(), la que sirve para sacar el número de semana en el año, tienes el parámetro mode que te permitirá cambiar el comienzo a lunes.
mira este enlace
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...#function_week
Por si te sirve.