Hola eybel,
es muy sencillo. Has de entrar en el index.php de tu template, que por lo que veo eso no hay problema y has de mover el código:
<div align="center" id="debug">
<?php mosLoadModules( 'debug', -1 );?>
</div>
debajo del de footer, de esta forma te aparecerá debajo del todo de la página.
Ven probando a diferentes niveles de "div" hasta que te encaje, si no me equiboco solo te tiene que quedar por debajo de el código del "debug" un </div> y un </html>
De todas formas te recomiendo que hojees algunos manuales de HTML que te permitiran mucho más juego con Joomla o cualquier otro CMS.
Un saludo