Bueno, me alegro que se entendió... pensé que había quedado confuso
Nota: este tipo de problemas se solucionan también si haces un sistema "modular" donde todo entre por el index.php, entonces, siempre estás parado en la raiz y no tendrás este problema.
También debería solucionarse con el tema de los namespaces que está disponible en las versiones muy nuevas de PHP.