Bién, es una mezcla de javascript+php+html así que lo puse aquí por el tema del php a excel.
Como bien he dicho, de una manera me funciona, de la otra no me funciona. La página php to excel es la misma en los dos casos:
Código PHP:
header('Content-type: application/vnd.ms-excel');
$archivo=date("d_m_Y_H_i_s");
header("Content-Disposition: attachment; filename=".$archivo.".xls");
header("Pragma: no-cache");
header("Expires: 0");
El error es que en el caso del window.open no dejan descargar ni abrir el archivo, segun internet explorer, no encuentra el archivo (repito sale un mensaje de error).