Borrar datos de una consulta entre dos tablas

[seyko]

una clave primaria ya es una clave unica.

Si son muchos registros IN compara uno a uno, por eso se demora tanto, prueba algo asi:

Código:

delete from atATDClienteTempMes
from (select idATDCliente 
          from atConciliacionParcial60Prueba )  foo
where atATDClienteTempMes.idATDCliente = foo.idATDCliente

Salu2